吳剛為了打擊犯罪團伙，避免大爆炸，表面上佯裝答應罪犯的條件，暗地里組織人員想盡辦法阻止大爆炸的發生。但是，禍不單行，一艘外籍貨輪“巨鯊號”滿裝著危險物品因為違章行駛，船上的船員由于不小心引發了一場火災，燒壞了貨艙里的溫控系統，使之貨艙里的溫度急劇升高，隨時都有發生大爆炸的危險。這時，吳剛的妻子趙玫在接受隔離審查的時候，突然跳樓自殺了。此時鐘平的兒子鐘磊無意中聽了大爆炸的消息，并將其通過網絡發送出去，頓時，整個城市，人心慌慌。萬般無奈之下，整個城市拉響了大撤離的警報聲。一場史無前歷的全市大撤離開始了……　　研制出來的WK被送到了巨鯊號，經過試驗，非常成功。吳剛下令盡速配制巨鯊號所需要的十噸WK。正當吳剛心里稍稍松下一口氣，鐘平卻又帶來一個不好的消息，因為化學反應，HD-3的爆炸時間提前……為了最大限度的減低HD-3爆炸所產生的危害，吳剛決定聽取詹姆斯博士的建議，封閉貨艙，噴灑專用的化學試劑，并且將巨鯊號駛離港口最少三海里。勞爾船長下達開船命令后，大副安德魯因為恐懼，跳海逃走。這時，林海生出現在勞爾船長的身邊林海生告訴勞爾，他是來贖罪的，他要為自己的過失付出代價。在離港口三海里的地方，巨鯊號在眾人的注視之下爆炸望著依然如故的城市，直升機上的吳剛和鐘平，心中生出一種無法說出的感覺……