《爭分奪秒》講述2004年4月1日，西九龍重案重組沙展馮志偉，臥底探員楊啟東、刑事情報科(CIB)高級督察黃家輝，三個本來各不相干的人，于4月1日開始至4月30日內，要搗破香港最大的黑幫集團，更要阻止一項暗殺候任警務處處長王振揚的大陰謀。三人就在這三十日內，將香港作為一個困獸斗的大舞臺，用最接近事實的角度，與匪幫作最斗智斗力的競賽，演繹一個爭分奪秒的三十集警察故事。香港副警務處長王振揚一向疾惡如仇，有消息傳出揚將會接任成為新一任的警務處長，振揚的上任雖令匪徒聞風喪膽，但亦傳出職業殺手已接到命令要置振揚于死地。警方覺事態嚴重，派出情報科A隊高級督察黃家輝全力保護振揚，并令家輝查出幕后黑手的真正身份。家輝經過詳細分析后認定是香港最大黑幫家族侯家所為。侯家話事人侯文華更膽大妄為，誓言要在4月30日之前，將香港的黑道撥亂反正，將白道陷于恐慌之中。　　文華前往泰國與泰國新崛起黑幫頭目Sam商量合作大計，港泰兩地黑幫意欲結盟，將整個東南亞的毒品市場壟斷，兩地黑幫結盟后勢力必更大。此舉引起了泰國警方的注意，派遣女刑警Rita，接手處理調查。Rita調查Sam，發覺原來Sam只是一個幌子，真正操控黑幫的人竟是泰國華僑富商鄭坤，亦是鄭坤在幕后一手策劃整個行動。　　志偉在酒吧認識一名女子彭慧，彭慧更對志偉情有獨中，但志偉知悉彭慧原來是文華最深愛女人后，即多番逃避，不過彭慧仍是苦纏不休。文華得悉情敵出現，遂因利乘便插贓嫁禍，令志偉蒙上不白之冤。志偉因殺警之嫌被通緝，心知自己被警察部內奸插贓嫁禍，志偉找家輝幫忙，希望借助情報科搜集出證據查出內奸的真正身份。　　家輝從Rita方面得知耀國早派出臥底滲入侯家搜集罪證，于是決定接手調查，并希望臥底能助自己一臂之力。　　一波未平一波又起，志偉雖替自己找出辯護證據，但愛女馮美茵卻遭文華囚禁，要挾志偉燒毀重案組證物房，偷取一份三十年前的證供。過程中，志偉卻發現這一份重要資料，揭示文華與三十年前香港一名大毒梟陳萬豪似有著一段不尋常的關系。　　志偉與文華終弄至勢不兩立地步，加上壓力越大反抗越大，志偉與彭慧經過風風雨雨，感情反而更趨真摯牢固，一段三角感情令這場正邪對壘更形激烈兇險。振揚康復后準備上任之際，卻傳來丑聞，指振揚當年涉及一宗受賄枉法案，此事引來極大回響，振揚也有被拉下馬來之虞。　　萬豪重臨香江，誓要建立一個前所未有的跨國黑社會王國，誓要香港黑白兩道低頭。面對這個龐大的陰謀，志偉能否對付文華，與彭慧又能否跨過重重困難，終成眷屬？啟東為救Rita而燃起愛火，詠琪會否因愛成恨，置其于死地？家輝在僅余的有生之日，能否破「謀殺準一哥」案，與志偉撥亂反正，成功瓦解萬豪與文華的陰謀，剿滅這國夸國的黑社會王國？