“干將莫邪”是春秋時期鑄劍大師干將、莫邪夫婦嘔心瀝血、用生命和曠世愛情冶鑄而成的神劍。鑄劍之時因為爐中那采自五山六合的金鐵之精過了六個月還不能熔化，莫邪于是以身投爐，“爍身以成劍”。為了紀念莫邪，干將鑄成了一雌一雄雙劍。他將雄劍獻給吳王，可吳王卻逼問雌劍，被兵士包圍的干將絕望地問匣中的雌劍莫邪莫邪，我們怎樣才能不分離？匣中寶劍倏忽間化作一陣清煙，帶走了干將。從此，干將莫邪和那對神劍就消失在塵世之間，再也沒有露面。千百年來，無數的人們尋找著“干將莫神劍”的蹤跡……1000年后，正值中國大分裂時期，漢族正統政權東晉在匈奴等少數民族政權的合圍逼迫之下，被迫偏安江南一隅，年輕美貌的太后帶著不足十歲的小皇帝苦苦支撐著局面。得道高人赤松道長算出了岌岌可危的東晉政權將有一場巨大浩劫。要化解這場浩劫，除非有一場天意注定的姻緣，在某一天意注定的摯情瞬間，激活那對潛伏了千年之久干將莫邪神劍的神力……金華的民間神醫黃初平和他的戀人柳一夕就這樣走進了歷史。一次偶然事件中黃初平破壞了曹太尉針對太后的暗殺計劃，并且救下了危境中的太后；而柳一夕由于某種與生俱來的靈性，不停地胡鬧撒潑的小皇帝只有見到她才能安靜下來。一夕因而被惱羞成怒的曹太尉擄走，獻到宮里。黃初平因而走上了尋找、挽救柳一夕之路。因為小皇帝對柳一夕的喜愛，曹太尉與后趙派來的道士釋空塵相互勾結，用巫術邪藥控制了柳一夕的心智，試圖通過她控制小皇帝達到他們的目的。超凡脫俗的柳一夕從此心神大變，好像被邪惡附體，一時變得兇戾無比，面對黃初平的雙眸才偶爾會顯露一絲凄苦的神色。這表明她的純良的天性正在痛苦地與邪惡力量作著激烈的較量。在挽救柳一夕的過程中，黃初平被卷入了一場場陰謀之中，憑著他天性中的赤誠和天賦異稟，黃初平拉開了他亂世之中造福于民的人生序幕。漸漸地，黃初平成為了焦點，幾方力量的較量，陰謀成敗的焦點，全都系于一身。最終，在赤松道長的點撥下，在王羲之俊秀飄逸書法的熏陶之下，黃初平完成了天意賦予的使命。在這過程中，青梅竹馬的戀人柳一夕，因為上天安排的“緣份塤”而與黃初平結緣的王羲之義女慕容硯，都與黃初平書寫了一段段風格迥異的愛情篇章。然而，黃初平對愛情執著無悔，他的所作所為只是為了挽救自己的戀人，全力抵御著世上的邪惡。正是因為黃初平對愛情的這份執著，在局勢無可挽救的瞬間，一夕潛意識的人性終于戰勝了邪惡，在那一刻與黃初平的心血相融，而激發了傳說中那柄上古神劍的神力干將莫邪，摯情之神，雙劍合璧，天下無敵！最終，黃初平與柳一夕完成了天意賦予的使命，消弭了這場大浩劫。而他自己也在這過程中經歷了幾番生死考驗，經歷了幾番情感糾葛，最終悟出了自我生存的價值。他深切地體會到神劍雖利，但給世間帶來的卻是無休止的爭奪和殺戮，只要干將莫邪存世，和平將永是期盼，于是他毅然藏劍而去，隱跡于山林，在道長的點化下叱石成羊、得道成仙。人生的悲劇在于，這一對心心相印的戀人為了相聚歷經艱辛，而當他們最終能夠相聚之時，黃初平卻經歷著激烈的內心煎熬，因為他的心中裝的不僅僅是兩小無猜的柳一夕，同時也裝著天下百姓，裝著一個遍地羊群的祥和世界。