《新便衣警察》劇中“周志明”是一個年輕警官，在警察這個充滿神秘殘酷而無情的職業里得到了鍛煉，使他蛻去了稚嫩的外衣，走進成熟。他經歷了許多人都經歷過的情感和生活的磨難。面對抉擇填寫了一次次的人生答案。故事發生在粉碎“四人幫”之前的一九七六年。經群眾舉報，南州市公安局逮捕了一個名叫徐邦呈的臺灣特務。當時沒有弄清楚特務潛入南州市來的目的，在軍代表甘副局長的誘供下，徐邦呈謊稱他要在邊境接應一支敵人的小分隊入境，目的是破壞大陸的批林批孔運動。甘副局長親自帶隊押解著徐邦呈前往邊境，準備將敵人的小分隊一網打盡，結果徐邦呈趁機逃跑，被押解的偵察員周志明擊斃。抓捕行動失敗，線索也中斷了，這個特務潛入南州市的真正目的成了一個謎。 　　周志明在一次偶然的事件中認識了一個名叫施肖萌的姑娘，兩人相互產生了好感。不久南州市出現了許多悼念周總理的傳單，其中有批評當時中央文革的內容，當時的軍代表將其列為反革命事件，要求偵察處追查發放傳單的人。在一次執勤中，周志明的同事陸振羽根據軍代表的布置用照相機給兩個郵寄傳單的人拍了照，周志明發現其中一個是施肖萌的姐姐施季虹，另一個是自己的同年伙伴安成。就在軍代表準備按照照片抓人之前，周志明為了保護施季虹和安成將相機中的膠卷曝了光。隨后周志明為了不連累陸振羽又向領導承認了曝光膠卷。結果周志明不但被打成現行反革命，還因為徐邦呈逃跑的事情背上了特務的嫌疑，被判刑十五年投入了監獄。接著，他唯一的親人父親也含恨去世了。這突如其來的變故徹底改變了周志明的命運。 　　周志明入獄之后，只有施肖萌堅信他絕不是壞人。施肖萌不顧家人的擔心和反對，堅持到監獄看望周志明。周志明為了不連累施肖萌，忍痛斷絕了兩人之間的關系。同時，周志明在獄中面對個別管教和周圍犯人們的雙重敵意受盡了屈辱，幾乎對生活失去了信心。 　　隨著粉碎“四人幫”，在全國范圍內平反冤假錯案，周志明也得到了平反，又重新回到了公安隊伍內。 可是由于一些左的影響，在他的組織結論中還留下一個小尾巴。施肖萌這時候已經考上了大學，周志明和施肖萌再次重逢后，很快感情上又出現了誤解和裂痕。一直都在暗中喜歡著周志明的女同事嚴君含蓄地向周志明表達了誠摯的愛戀，周志明和嚴君在工作中成為摯友，可他心里還是想念著施肖萌。 一個叫杜衛東的小偷在獄中經過周志明的幫助和教育，出獄后準備改邪歸正重新做人。可是當南州市政協副主席、941廠總工江一明家被盜后，杜衛東又被當做嫌疑犯抓起來了。周志明看出了其中的破綻，經過一番調查證實作案的人不是杜衛東。這時，941廠在引進大型項目中遭受了嚴重的損失，說明江 　　一明家的機密文件被人盜取過。施肖萌的姐姐施季虹突然向公安機關舉報其前男友盧援朝盜竊了江一明家，盧援朝被拘捕檢察機關起訴。施肖萌對姐姐的行為很不滿，認為姐姐是蓄意誣告盧援朝，毅然做為盧援朝的辯護人出庭為其辯護并宣判無罪釋放。 　　經過對施季虹的調查，發現施季虹有出賣情報的嫌疑，原來施季虹被境外潛入的間諜引誘已經成為了犯罪分子。就在公安機關要逮捕港商身份的間諜馮漢章時，發現有人向馮漢章報警。周志明始終沒有忘記幾年前徐邦呈案件中斷的線索，懷疑就在南州市有了個潛伏的特務。決定展開追查。就在周志明同事們繼續追查的時候，杜衛東突然被人殺害了。幾個連續發生的事情撲朔迷離、互相糾纏，公安人員經過一番周密的調查，終于查清了杜衛東死亡的真相，同時也挖出了多年潛伏在南州市的特務盧援朝，找到了真正盜竊941廠機密的人。原來施季虹誣告盧援朝是境外間諜機關故意布下的一個謎陣，目的是犧牲掉馮漢章和施季虹來保護盧援朝。 　　經過一連串事件的考驗和鍛煉，周志明成長為一個真正的警察。施肖萌和周志明最終消除了誤解又走到了一起。嚴君在破案后調離了南州市，心里卻始終愛著周志明。 　　這是一個年輕警察成長的故事，也是一曲美好愛情的頌歌。